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皮克级链特异 Total RNA-Seq (for Illumina)
品牌 Code No. 包装量 价格 说明书 数量
Clontech 635005 12 Rxns 14,723 元
Clontech 635006 48 Rxns 44,409 元
Clontech 635007 96 Rxns 59,902 元
Clontech 634411 12 Rxns 12,418 元
Clontech 634412 48 Rxns 41,457 元
Clontech 634413 96 Rxns 54,518 元
Clontech 634414 192 Rxns 98,132 元
SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input
Mammalian以皮克级总RNA构建Illumina链特性RNA-seq文库
· 皮克级样品起始—可以250 pg-10 ng人,小鼠或大鼠总RNA起始
· 用途广泛—可以不同品质RNA(包括FFPE/LCM样品及游离RNA)制备文库,获得高重复再现数据
· 性能提升-不增加PhiX也可获得较高的簇通过过滤百分比(FP%),识别更多转录本,重复更少
· 保留链来源信息—转录本链来源信息识别准确度高
· 快速,一体化流程—整体流程只需~6 h ,改良了buffer配方,缩短了文库纯化时间
· 无缝衔接Illumina测序—直接制备多达96种index的 Illumina®-ready文库
 
SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian设计用于从皮克级总RNA(250 pg–10 ng)中高效制备Illumina测序文库。本试剂中采用的技术适用于高品质,部分降解及低品质RNA(如来自于FFPE或LCM样品)。本试剂是一体化操作流程,保留了链来源信息,并且不需要下游文库制备,在反转录和PCR扩增过程中就可以添加indexes和接头。升级产品与原有SMARTer 皮克级产品相比,提升了在所有Illumina测序平台的测序性能,并且文库纯化操作更加方便。
核糖体RNA在总RNA中占有很高的比重(~90%)。在制备文库前从总RNA中去除掉这些大量的RNA,有利于降低测序成本,提高统计数据的比对比率。但是在以微量样品起始时,如果一开始就从总RNA中去除rRNA,会造成纯化后的起始样品太少而不能制备高品质测序文库,本试剂采用专有的特异针对哺乳动物rRNA和部分线粒体RNA的探针去除核糖体cDNA(来源于核糖体RNA的cDNA片段)。采用本试剂制备的文库与前代试剂制备的文库接头配置不同,即使是使用基于双通道SBS技术的Illumina平台如NextSeq®, MiniSeq, 和 HiSeq® 3000/4000测序时,不需要添加大量PhiX也可以获得高比例的簇通过过滤百分比(%PF)。每个run可以获得更多的生物学相关测序reads,这又反过来减少了测序成本。采用Pico v2 Kit同样可以获得更多的特异转录本,更低的rRNA、mtRNA比对率和重复率。此外,Pico v2 Kit包含了一种新的PCR buffer,提高了文库纯化效率。
试剂盒提供12,48,96和192次反应规格。高通量版本试剂 (Code No. 634413,634414) 包含12种反向引物,8种正向引物,最多可以构建96种indexes文库。包括文库构建及纯化的整体流程只需~6 h。
 
不同样品起始量解决方案:
· 10-100 ng 总RNA, 推荐使用 SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit - Low Input Mammalian
· 100 ng-1 μg总RNA, 推荐使用SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit - HI Mammalian
 
图1. SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian技术流程
 
图2. SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian提高了通过过滤百分比(FP%)。如图所示,分别采用Pico v1 或Pico v2制备文库并使用NextSeq 500 或 MiniSeq平台测序。图中,蓝色图框表示未过滤(原始)reads的簇密度分布,绿色图框表示通过过滤reads的簇密度分布。 图中显示了通过过滤的reads数(以百万计)和每个run的%PF。
 
图3. 新的SeqAmp CB PCR buffer利于磁珠-沉淀物形成。Pico v2中的PCR buffer经过重新设计可以更快、更紧密的形成磁珠-沉淀物。经过磁力分离后,在新的SeqAmp CB buffer(右)中的沉淀物比原来PCR buffer(左)中的沉淀物更紧密。紧密的沉淀物比松散的沉淀物更容易干燥,易于重悬。
 
图4. SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian 提升了灵敏度和重复再现性。上图为以1 ng和10 ng人肺FFPE来源的总RNA起始,分别采用Pico v1和Pico v2构建文库,NextSeq 500测序数据。Panel A. 以1 ng和10 ng样品起始,分别采用Pico v1和v2构建文库的测序数据。Panel B. 不同样品起始量之间,转录本表达水平的比较分析。
 
 
Technote:
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SMARTer Stranded RNA-Seq PICO:
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产品详情请点击以下链接:
https://www.takarabio.com/products/next-generation-sequencing/rna-sequencing/pico-input-strand-specific-total-rna-seq-for-illumina

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